在醫藥行業中，污染問題是多年來一直存在的大難題，其中原料藥的污染問題更是行業發展之痛。不過近年來，隨著原料藥行業競爭的加劇，中國原料藥企業已經開始從生產粗放型的低端中間體向精細型的高端產品轉變。
　　據悉，低水平的生產是造成國內原料藥污染嚴重的最主要原因，雖然國內制定了頗為嚴格的排污標準，但是國內真正能夠達到標準企業卻幾乎沒有。
　　污染嚴重一直讓原料藥生產被社會各界詬病，尤其某些大型企業頻頻發生環保事件更讓有關部門對行業的污染問題倍加關注。
　　工信部消費品司醫藥處處長李宏表示，國家早就出臺了產業調整目錄，發酵類原料藥一直屬于限制發展的項目，但是有些地方對這個目錄置若罔聞，執行得很差。我國醫藥產業結構調整的主要方向就是限制高耗能、高污染和資源性的產品。
　　我國早就制定了嚴格的排污標準，嚴于美國標準，和最嚴的歐盟標準也相差無幾。對此國內企業也是叫苦連天。業內人士指出，如果按照國家標準執行，企業需要投入高昂的環保資金，連正常的生產活動也無法開展，“國內幾乎沒有一家企業達到國家標準。”
　　有關專家指出，國家加大環保監管力度，無疑會增加企業的環保成本，造成企業利潤下滑。但是長期看，對原料藥行業的發展來說利大于弊，有利于促進企業進行上下游整合，同時促進企業在新藥研發上加大投入比例，提升產品競爭力。
　　不過值得欣喜的是，隨著醫藥行業的轉型升級，原料藥行業也開始不斷向下游供應鏈延伸和轉移，國內企業也開始積極獲取國際認證，原料藥質量也有了較大提高。